応用微生物学研究室は第一講座とも呼ばれ、生命工学科の前身である発酵生産学科の創設時（昭和３２年）に 最初に開講された伝統ある研究室です。これまで、日本醸造協会技術賞、日本発酵工学会斉藤賞、日本放線菌学会賞、同奨励賞、 山梨科学アカデミー奨励賞など、各学術分野における卓越した成果に与えられる名誉ある数々の賞を受賞してきています。
　昭和３６年の第一期卒業生以来、１５０名を越す卒業生が応用微生物学研究室を巣立っており、 食品、醸造、医薬品分野の第一線で活躍をしています。 　 当研究室教員および学生で構成されています。
　最近では、放線菌の分離・分類 に関する研究のほかにも、 放線菌の抗生物質生産に関する遺伝子と発現 に関する研究、 放線菌の生産する酵素（糖質変換酵素、セルロース分解酵素） の研究、 植物共生菌 、 植物根圏菌 、 好塩・耐塩性菌 、 堆肥化促進菌 の研究など、分子生物学や生態学も含む幅広い分野の研究を行っています。
　大学院の学生はそれぞれ卒論生の指導にあたるシステムをとっています。